Seit 1990 leitet Werner Müller als Intendant das Stadttheater. Er entwickelte das sogenannte Drei-Stufen- Modell, welches das Theater vom Gastspielbetrieb über Koproduktionen - zumeist mit freien Gruppen und Ensembles - bis hin zu regelmäßigen Eigenproduktionen führen sollte.

In den ersten Spielzeiten fand eine Konzentration des Gastspielbetriebs auf Inszenierungen wichtiger Staats- und Stadttheater statt. Überdies wurde das Fürther Theater im Lauf der Jahre als Tournee-Bühne für internationale Tanzcompagnien etabliert - wie das Göteborg Ballett, das Nederlands Dans Theater oder Elisa Monte Dance aus New York

In den folgenden Jahren stand die Realisierung der zweiten Stufe auf dem Programm, die Koproduktionen mit anderen Theatern. Hierbei orientiert man sich zunächst an der Zusammenarbeit mit innovativen, regionalen Theatern, wie dem CZ-Tanztheater von Jutta Czurda oder der Pocket Opera Company Nürnberg. Im Kinder- und Jugendtheaterbereich sind die Kooperationspartner das Theater Mummpitz und das Theater Pfütze. Es folgten Koproduktionen mit Theatern wie dem Theater an der Ruhr von Roberto Ciulli und der Baracke des Deutschen Theaters Berlin.

1994 ging man mit Eigenproduktionen an die Realisierung der dritten Stufe. Im September 1994 hatte mit "Biedermann und die Brandstifter" unter der Regie von Werner Müller die erste Eigenproduktion Premiere. Statt einem festen Ensemble greift das Stadttheater Fürth auf einen Stamm von ca. 60 Mitarbeitern im künstlerischen Bereich zurück, mit dem die Eigenproduktionen kontinuierlich ausgebaut werden, so dass mittlerweile pro Saison mindestens vier bis sechs Inszenierungen auf die Bühnen gebracht werden können. Für die Produktion "Die Ware Liebe oder Das ist der Mond über Soho" mit Jutta Czurda erhielt das Stadttheater Fürth 1998 den Bayerischen Theaterpreis. Noch immer ist dieses Konzept deutschlandweit singulär.

Im Jahr 2002 feierte das Stadttheater Fürth das 100-jährige Jubiläum, einhergehend mit dem Abschluss einer neuerlichen umfangreichen Sanierung. Seit 2004 bespielt das Stadttheater Fürth auch die Bühne des früheren Schlachthofs - jetzt Kulturforums Fürth - das sich schnell zu einem Forum für modernes, innovatives Tanztheater, neue Musik und moderne Formen des Sprechtheaters entwickelte. Die besondere Architektur des Saales mit seinen charakteristischen Säulen wurde dabei integraler Bestandteil der Inszenierungen. 

Im Jahr 2007 ist das Stadttheater Fürth Bühne vieler hochkarätiger Veranstaltungen im Rahmen des 1000-jährigen Stadtjubiläums mit dem Höhepunkt, Ausrichter der 25. Bayerischen Theatertage zu sein.